Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót: Doanh nghiệp kê khai bổ sung như thế nào từ năm 2026?

Bỏ sót hóa đơn đầu vào, nhiều doanh nghiệp gặp tình trạng chưa kê khai đúng kỳ phát sinh. Khi đó, doanh nghiệp thường đặt câu hỏi:

• Có cần lập tờ khai bổ sung cho kỳ đã bỏ sót không?
• Có được kê khai khấu trừ thuế GTGT của hóa đơn này không?
• Kê khai vào kỳ phát hiện hay phải quay lại kỳ phát sinh?

Từ năm 2026, việc xử lý hóa đơn đầu vào bị bỏ sót được thực hiện theo hướng dẫn mới về kê khai thuế GTGT, doanh nghiệp cần xác định đúng trường hợp để tránh sai sót khi kê khai thuế.

Quy định mới về kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót từ năm 2026

Theo quy định về khấu trừ thuế GTGT đầu vào, trường hợp doanh nghiệp phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai hoặc bỏ sót thì có thể thực hiện khai thuế trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thuế.

Cách xử lý phụ thuộc vào ảnh hưởng của việc bỏ sót hóa đơn đến nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp.

Cụ thể:

• Nếu việc bỏ sót hóa đơn làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn, doanh nghiệp phải thực hiện khai bổ sung tại kỳ phát sinh hóa đơn bị bỏ sót.
• Nếu việc bỏ sót hóa đơn chỉ làm tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ hoặc giảm số thuế phải nộp, doanh nghiệp được kê khai tại kỳ phát hiện sai sót.

Cách kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót từ năm 2026

Trường hợp 1: Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót làm tăng số thuế phải nộp

Ví dụ:

Công ty A kê khai thuế GTGT quý I/2026. Trong tháng 5/2026, doanh nghiệp phát hiện một hóa đơn đầu vào tháng 2/2026 chưa được kê khai. Sau khi kiểm tra phát hiện:

• Hóa đơn này không được đưa vào khấu trừ.
• Việc bỏ sót làm doanh nghiệp phải nộp thêm thuế GTGT.

Trong trường hợp này, doanh nghiệp cần:

• Lập hồ sơ khai bổ sung cho kỳ quý I/2026.
• Điều chỉnh lại số liệu kê khai.
• Nộp bổ sung số thuế phát sinh tăng thêm.
• Nộp tiền chậm nộp (nếu có).

Trường hợp 2: Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót chỉ làm tăng số thuế được khấu trừ

Ví dụ: Công ty B nhận hóa đơn mua nguyên vật liệu tháng 3/2026 với:

• Giá trị trước thuế: 100 triệu đồng.
• Thuế GTGT đầu vào: 10 triệu đồng.

Tuy nhiên, kế toán quên kê khai hóa đơn này trong quý I/2026. Đến tháng 7/2026, khi rà soát chứng từ, doanh nghiệp phát hiện hóa đơn bị bỏ sót. Nếu việc bổ sung hóa đơn:

• Không làm tăng số thuế phải nộp.
• Chỉ làm tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển sang kỳ sau.

Thì doanh nghiệp không cần quay lại khai bổ sung quý I/2026 mà thực hiện kê khai tại kỳ phát hiện sai sót.

Hóa đơn đầu vào bỏ sót kê khai vào chỉ tiêu nào trên tờ khai thuế GTGT?

Đối với trường hợp được kê khai tại kỳ phát hiện sai sót, doanh nghiệp thực hiện điều chỉnh theo hướng dẫn trên tờ khai thuế GTGT. Theo hướng dẫn kê khai năm 2026:

• Doanh nghiệp không thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong trường hợp chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau.
• Số thuế GTGT đầu vào bị bỏ sót được kê khai điều chỉnh tại chỉ tiêu phù hợp trên tờ khai thuế GTGT kỳ phát hiện sai sót.

Cụ thể chỉ tiêu [38]: Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước.

Doanh nghiệp cần lưu ý không đưa lại hóa đơn bỏ sót vào các chỉ tiêu kê khai hóa đơn đầu vào phát sinh trong kỳ hiện tại để tránh kê khai trùng.

Ví dụ thực tế cách xử lý hóa đơn đầu vào bỏ sót

Tình huống:

Công ty TNHH ABC kê khai thuế GTGT theo quý. Ngày 10/8/2026, kế toán phát hiện một hóa đơn mua dịch vụ ngày 15/3/2026 giá trị chưa thuế là 50 triệu đồng, thuế GTGT: 5 triệu đồng chưa được kê khai trong quý I/2026.

>> Bước 1: Kiểm tra ảnh hưởng: doanh nghiệp xác định hóa đơn có hợp lệ không? Có đầy đủ chứng từ thanh toán không? Việc bổ sung giúp tăng số thuế GTGT được khấu trừ không?

>> Bước 2: Xác định cách kê khai: do không làm tăng số thuế phải nộp → không cần khai bổ sung quý I/2026.

>> Bước 3: Kê khai kỳ phát hiện: doanh nghiệp kê khai số thuế GTGT đầu vào bị bỏ sót vào kỳ phát hiện sai sót theo quy định.

Điều kiện để hóa đơn đầu vào bị bỏ sót vẫn được khấu trừ thuế GTGT

1. Hóa đơn hợp pháp, hợp lệ

Bao gồm:

• Hóa đơn điện tử đúng quy định.
• Thông tin người bán, người mua chính xác.
• Nội dung hàng hóa, dịch vụ phù hợp.

2. Có đầy đủ chứng từ liên quan

Doanh nghiệp cần lưu giữ:

• Hợp đồng mua bán.
• Phiếu nhập kho (nếu có).
• Biên bản giao nhận.
• Chứng từ thanh toán.

3. Đáp ứng điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt

Đối với các hóa đơn thuộc trường hợp bắt buộc, doanh nghiệp cần đảm bảo điều kiện thanh toán theo quy định để được khấu trừ thuế GTGT.

Những sai lầm doanh nghiệp thường gặp khi xử lý hóa đơn đầu vào bỏ sót

>> Luôn quay lại kỳ cũ để khai bổ sung: không phải mọi trường hợp hóa đơn bỏ sót đều cần khai bổ sung vào kỳ gốc. Doanh nghiệp  căn cứ vào tác động của việc bỏ sót hóa đơn đến số thuế phải nộp hoặc số thuế được khấu trừ. Nếu không làm tăng số thuế phải nộp thì doanh nghiệp có thể lựa chọn kê khai vào kỳ phát hiện thay vì kỳ gốc.

>> Kê khai trùng hóa đơn: một số doanh nghiệp sau khi phát hiện hóa đơn bỏ sót vừa khai bổ sung kỳ gốc vừa đưa vào kỳ hiện tại. Như vậy, dẫn đến tình trạng kê khai trùng hóa đơn và gây rủi ro khi cơ quan thuế kiểm tra.

>> Không rà soát hóa đơn định kỳ: việc bỏ sót hóa đơn thường xảy ra do không đối chiếu dữ liệu hóa đơn điện tử, không kiểm tra chứng từ theo tháng/quý hoặc quy trình kế toán chưa chặt chẽ.

Doanh nghiệp cần làm gì để hạn chế rủi ro hóa đơn đầu vào?

Để tránh tình trạng bỏ sót hóa đơn và sai sót khi kê khai thuế, doanh nghiệp nên:

• Kiểm tra hóa đơn đầu vào định kỳ hàng tháng.
• Đối chiếu hóa đơn trên hệ thống điện tử.
• Xây dựng quy trình kiểm soát chứng từ.
• Lưu trữ đầy đủ hồ sơ kế toán.
• Thực hiện rà soát trước mỗi kỳ kê khai thuế.

Đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa chưa có bộ phận kế toán chuyên sâu, việc sử dụng dịch vụ kế toán trọn gói có thể giúp kiểm soát hóa đơn, chứng từ và hạn chế rủi ro thuế.

Hóa đơn đầu vào bỏ sót kê khai vào chỉ tiêu nào trên tờ khai thuế GTGT?

Đối với trường hợp được kê khai tại kỳ phát hiện sai sót, doanh nghiệp thực hiện điều chỉnh theo hướng dẫn trên tờ khai thuế GTGT. Theo hướng dẫn kê khai năm 2026:

• Doanh nghiệp không thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong trường hợp chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau.
• Số thuế GTGT đầu vào bị bỏ sót được kê khai điều chỉnh tại chỉ tiêu phù hợp trên tờ khai thuế GTGT kỳ phát hiện sai sót.

Cụ thể chỉ tiêu [38]: Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước.

Doanh nghiệp cần lưu ý không đưa lại hóa đơn bỏ sót vào các chỉ tiêu kê khai hóa đơn đầu vào phát sinh trong kỳ hiện tại để tránh kê khai trùng.

Ví dụ thực tế cách xử lý hóa đơn đầu vào bỏ sót

Tình huống:

Công ty TNHH ABC kê khai thuế GTGT theo quý. Ngày 10/8/2026, kế toán phát hiện một hóa đơn mua dịch vụ ngày 15/3/2026 giá trị chưa thuế là 50 triệu đồng, thuế GTGT: 5 triệu đồng chưa được kê khai trong quý I/2026.

>> Bước 1: Kiểm tra ảnh hưởng: doanh nghiệp xác định hóa đơn có hợp lệ không? Có đầy đủ chứng từ thanh toán không? Việc bổ sung giúp tăng số thuế GTGT được khấu trừ không?

>> Bước 2: Xác định cách kê khai: do không làm tăng số thuế phải nộp → không cần khai bổ sung quý I/2026.

>> Bước 3: Kê khai kỳ phát hiện: doanh nghiệp kê khai số thuế GTGT đầu vào bị bỏ sót vào kỳ phát hiện sai sót theo quy định.

Điều kiện để hóa đơn đầu vào bị bỏ sót vẫn được khấu trừ thuế GTGT

>> Hóa đơn hợp pháp, hợp lệ, bao gồm hóa đơn điện tử đúng quy định, thông tin người bán, người mua chính xác và nội dung hàng hóa, dịch vụ phù hợp.

>> Có đầy đủ chứng từ liên quan: doanh nghiệp cần lưu giữ: hợp đồng mua bán, phiếu nhập kho (nếu có), biên bản giao nhận và chứng từ thanh toán.

>> Đáp ứng điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt: đối với các hóa đơn thuộc trường hợp bắt buộc, doanh nghiệp cần đảm bảo điều kiện thanh toán theo quy định để được khấu trừ thuế GTGT.

Những sai lầm doanh nghiệp thường gặp khi xử lý hóa đơn đầu vào bỏ sót

>> Luôn quay lại kỳ cũ để khai bổ sung: không phải mọi trường hợp hóa đơn bỏ sót đều cần khai bổ sung vào kỳ gốc. Doanh nghiệp  căn cứ vào tác động của việc bỏ sót hóa đơn đến số thuế phải nộp hoặc số thuế được khấu trừ. Nếu không làm tăng số thuế phải nộp thì doanh nghiệp có thể lựa chọn kê khai vào kỳ phát hiện thay vì kỳ gốc.

>> Kê khai trùng hóa đơn: một số doanh nghiệp sau khi phát hiện hóa đơn bỏ sót vừa khai bổ sung kỳ gốc vừa đưa vào kỳ hiện tại. Như vậy, dẫn đến tình trạng kê khai trùng hóa đơn và gây rủi ro khi cơ quan thuế kiểm tra.

>> Không rà soát hóa đơn định kỳ: việc bỏ sót hóa đơn thường xảy ra do không đối chiếu dữ liệu hóa đơn điện tử, không kiểm tra chứng từ theo tháng/quý hoặc quy trình kế toán chưa chặt chẽ.

Doanh nghiệp cần làm gì để hạn chế rủi ro hóa đơn đầu vào?

Để tránh tình trạng bỏ sót hóa đơn và sai sót khi kê khai thuế, doanh nghiệp nên:

• Kiểm tra hóa đơn đầu vào định kỳ hàng tháng.
• Đối chiếu hóa đơn trên hệ thống điện tử.
• Xây dựng quy trình kiểm soát chứng từ.
• Lưu trữ đầy đủ hồ sơ kế toán.
• Thực hiện rà soát trước mỗi kỳ kê khai thuế.

Đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa chưa có bộ phận kế toán chuyên sâu, việc sử dụng dịch vụ kế toán trọn gói có thể giúp kiểm soát hóa đơn, chứng từ và hạn chế rủi ro thuế.