Nhận quyết định kiểm tra thuế là lúc nhiều chủ doanh nghiệp lo lắng nhất, nhất là khi chưa từng trải qua. Thực tế, kiểm tra thuế tại trụ sở 2026 có quy trình, thời hạn và giới hạn rõ ràng, doanh nghiệp cũng có những quyền cụ thể.

Từ ngày 01/7/2026, Luật Quản lý thuế 2025 (số 108/2025/QH15) có hiệu lực và thay đổi khá nhiều về cách kiểm tra. Bài viết dưới đây giúp bạn hiểu mình đang ở trường hợp nào và nên chuẩn bị gì.

1. Kiểm tra thuế tại trụ sở 2026 thay đổi gì so với trước?

Kiểm tra thuế tại trụ sở hiện được quy định tại Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, thay cho Điều 110 Luật Quản lý thuế 2019 (số 38/2019/QH14). Có 3 thay đổi đáng chú ý với doanh nghiệp nhỏ.

>> Ưu tiên kiểm tra điện tử, từ xa

Theo khoản 1 Điều 22, việc kiểm tra dựa trên quản lý rủi ro, ưu tiên kiểm tra trực tuyến, từ xa và không trùng lặp với các cuộc thanh tra, kiểm tra khác. Thông tư 89/2026/TT-BTC hướng dẫn kiểm tra bằng phương thức điện tử qua cổng giao tiếp điện tử của cơ quan thuế.

Cơ quan thuế chỉ xuống trụ sở khi dữ liệu điện tử chưa đủ căn cứ kết luận, cần xác minh thực tế hoặc thuộc trường hợp luật yêu cầu kiểm tra trực tiếp.

>> Thời hạn kiểm tra dài hơn

Theo điểm d khoản 3 Điều 22, thời hạn kiểm tra không quá 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra, được gia hạn một lần không quá 20 ngày. Quy định cũ tại Điều 110 Luật Quản lý thuế 2019 là không quá 10 ngày làm việc.

Doanh nghiệp có giao dịch liên kết có thời hạn kiểm tra dài hơn, tối đa 40 ngày và được gia hạn một lần không quá 40 ngày. Thời gian tạm dừng kiểm tra theo quyết định của cơ quan thuế không tính vào thời hạn này.

>> Giới hạn số lần kiểm tra

Kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề và kiểm tra khi doanh nghiệp sắp xếp lại, chấm dứt hoạt động chỉ thực hiện không quá 1 lần trong năm, trừ trường hợp kiểm tra lại. Quy định này giúp doanh nghiệp tránh bị kiểm tra chồng chéo.

2. 9 trường hợp bị kiểm tra thuế tại trụ sở

Theo khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, cơ quan thuế kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trong 9 trường hợp sau:

• Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.
• Hồ sơ đã được hoàn thuế trước, kiểm tra sau, trong thời hạn 5 năm kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.
• Có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế.
• Được lựa chọn theo kế hoạch hoặc chuyên đề kiểm tra.
• Theo yêu cầu của cơ quan, người có thẩm quyền.
• Người nộp thuế rủi ro cao khi chia, tách, sáp nhập, chuyển đổi, giải thể, phá sản, chấm dứt mã số thuế hoặc chuyển địa điểm.
• Sau khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin tại trụ sở cơ quan thuế mà chưa đủ căn cứ.
• Để giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế.
• Người nộp thuế rủi ro cao có hồ sơ đề nghị miễn, giảm, không thu thuế.

Ngoài 9 trường hợp này, cơ quan thuế không có căn cứ để tiến hành kiểm tra thuế tại trụ sở 2026. Với doanh nghiệp nhỏ, 3 trường hợp thường gặp nhất là có hồ sơ hoàn thuế, đang làm thủ tục giải thể hoặc đóng mã số thuế, và giải trình chưa thuyết phục ở bước kiểm tra tại cơ quan thuế.

Nếu doanh nghiệp đang chuẩn bị hồ sơ hoàn thuế, bài hoàn thuế GTGT 2026 sẽ giúp bạn rà soát điều kiện trước khi nộp.

3. Quyền và nghĩa vụ của doanh nghiệp khi bị kiểm tra

Điểm e khoản 1 Điều 37 Luật Quản lý thuế 2025 quy định các quyền của người nộp thuế trong quá trình kiểm tra. Doanh nghiệp được:

• Nhận văn bản liên quan đến việc kiểm tra.
• Từ chối kiểm tra tại trụ sở nếu không có quyết định kiểm tra hợp lệ.
• Từ chối cung cấp thông tin không liên quan đến nội dung kiểm tra hoặc thuộc bí mật nhà nước.
• Giải trình, bảo lưu ý kiến trong biên bản kiểm tra.
• Khiếu nại, khởi kiện, tố cáo hành vi vi phạm trong quá trình kiểm tra.

Song song đó, doanh nghiệp có nghĩa vụ chấp hành quyết định kiểm tra, cung cấp thông tin đầy đủ, chính xác, ký biên bản kiểm tra đúng thời hạn và thực hiện kết luận, quyết định xử lý.

4. 5 việc cần làm khi nhận quyết định kiểm tra thuế

[Infographic: Kiểm tra thuế tại trụ sở 2026: 5 việc cần làm khi nhận quyết định]

Quyết định kiểm tra thuế không đồng nghĩa doanh nghiệp đã vi phạm. Điều quan trọng là xác định đúng phạm vi và chuẩn bị hồ sơ có hệ thống.

>> Việc 1: Đọc kỹ quyết định để xác định phạm vi

Kiểm tra số, ngày của quyết định, người ký, nội dung kiểm tra, kỳ tính thuế và thành viên đoàn kiểm tra. Phạm vi trong quyết định là giới hạn mà doanh nghiệp cần cung cấp tài liệu.

>> Việc 2: Xác định lý do bị kiểm tra

Đối chiếu với 9 trường hợp ở mục 2 để biết mình thuộc diện nào. Nếu là hồ sơ hoàn thuế, trọng tâm sẽ là hóa đơn đầu vào và chứng từ thanh toán; nếu là giải thể, cơ quan thuế sẽ rà soát toàn bộ nghĩa vụ còn lại.

>> Việc 3: Chuẩn bị hồ sơ theo đúng kỳ kiểm tra

Tập hợp tờ khai thuế, báo cáo tài chính, sổ kế toán, hóa đơn, hợp đồng và chứng từ ngân hàng của các kỳ trong quyết định. Hóa đơn, chứng từ dùng ghi sổ phải lưu tối thiểu 10 năm, chi tiết trong bài thời hạn lưu trữ hóa đơn chứng từ kế toán 2026.

>> Việc 4: Tự rà soát trước buổi làm việc

Kiểm tra trước các điểm dễ bị loại như chi phí từ 5 triệu đồng thiếu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, hóa đơn sai thông tin, chênh lệch doanh thu giữa tờ khai và sổ sách. Phát hiện sớm giúp doanh nghiệp chủ động giải trình thay vì bị động.

>> Việc 5: Cử người nắm số liệu làm việc với đoàn

Người làm việc với đoàn kiểm tra cần hiểu rõ số liệu và giải trình được từng nghiệp vụ. Mọi ý kiến chưa thống nhất nên được ghi vào biên bản trước khi ký, đúng với quyền bảo lưu ý kiến của doanh nghiệp.

5. Sau kiểm tra, doanh nghiệp có thể bị xử lý thế nào?

Nếu kết luận có sai sót, doanh nghiệp phải nộp số thuế thiếu và tiền chậm nộp. Tùy hành vi, doanh nghiệp còn có thể bị phạt 20% số thuế khai thiếu theo Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, hoặc bị xử lý theo quy định về trốn thuế tại Điều 17.

Phân biệt hai mức xử lý này có trong bài mức phạt trốn thuế 2026. Kết luận kiểm tra cũng có thể bị kiểm tra lại trong thời hạn 2 năm theo khoản 6 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025.

6. Kết luận

Kiểm tra thuế tại trụ sở 2026 có thời hạn tối đa 20 ngày, chỉ áp dụng trong 9 trường hợp luật định và ưu tiên kiểm tra điện tử trước. Doanh nghiệp nắm rõ phạm vi, quyền của mình và chuẩn bị hồ sơ đầy đủ sẽ làm việc với đoàn kiểm tra chủ động hơn nhiều.

Kế toán ULTRA đồng hành cùng chủ doanh nghiệp rà soát hồ sơ, chuẩn bị giải trình và làm việc với cơ quan thuế.

👉 Vừa nhận quyết định kiểm tra thuế? Liên hệ Zalo 079 332 6006 để Kế toán ULTRA hỗ trợ rà soát ngay.